1435, Guarnerio in Friuli

Attorno al 1435 Guarnerio lascia Roma, probabilmente anche a seguito degli eventi della rivolta del giugno 1434 contro papa Eugenio IV, che vide il pontefice fuggire rocambolescamente a Firenze, imbarcato sul Tevere nelle vesti di semplice monaco. La fuga del Papa fu infatti coperta dal Patriarca Biagio dal Molin sotto la cui ala protettrice Guarnerio si era posto, cosa questa che – scoperta dai rivoltosi – comportò sicuramente per il Patriarca momenti di difficoltà, privando così Guarnerio della sua protezione. Rientrato in Friuli Guarnerio intraprende, forse più per motivi di reddito che per vocazione, la carriera ecclesiastica.
Per un decennio è canonico di Aquileia e Udine, insignito del titolo onorifico di litterarum apostolicarum abbreviator. Come canonico dispone di una prebenda, che impegna quasi interamente nell’acquisto di quanto gli occorre per arricchire la sua collezione libraria, e questo è infatti, per Guarnerio, anche un periodo di grande lavoro come copista di codici: trascrive egli stesso il De officiis di Cicerone (ms. 69), copiato in gran fretta come annota nel colophon (Guarnerius scripsit raptissime), le Declamationes maiores dello pseudo-Quintiliano (ms. 79), le Perioche omnium librorum di Livio (ms.71), pure scritte in fretta (raptim) ed altri codici di studio, che Guarnerio copia e annota fittamente con attenzione.